Im getrockneten Zustand wird die Wacholderbeere (gebietsweise auch Gewürzbeere genannt) gerne bei der Zubereitung von Sauerkraut, wie auch bei vielerlei Fleischzubereitungen (Sauerbraten, Wildbraten) verwendet. Es sollten jedoch nicht mehr als 3 „Beeren" pro Portion verwendet werden. Bei Überdosierung kann es zu Reizungen der Niere kommen. Wacholder-Präparate sind bei Nierenerkrankungen und während der Schwangerschaft kontraindiziert.

Wichtig ist die Wacholderbeere bei der Herstellung von geräuchertem Fleisch oder Fisch. Die Beeren werden in zerstoßenem Zustand den Pökelmischungen beigegeben, sowohl in die Salzmischungen, als auch in wässrige Pökellake. Der Geschmack der Wacholderbeere befördert die geschmackliche Entwicklung beim Räuchern von Fleisch oder Fisch. In alten Rezepten findet man die Angabe: 8 - 12 Wacholderbeeren je kg Speck od. Schinken.

Auch das Holz des Wacholderstrauches wird in Form von Spänen zu den üblichen Räuchermehlen gegeben, um eine Aromatisierung über den Rauch zu erreichen. In alten Rezepten findet man häufig, man solle "Kranewitt"-Zweige (Wacholderzweige) zur Räucherglut beigeben, um den Geschmack zu verbessern.

Eine zu hohe Dosierung von Beeren oder Holz, führt allerdings zu einer seifigen Geschmacksnote.

Die Beeren sind ein wichtiger Rohstoff bei der Alkoholherstellung. Es entsteht Wacholderschnaps bzw. Gin.